一旦采集到农作物野生亲缘植物后，需要将它们正确地保存于异地收藏处，这对于确保它们育种可用性的延续以及保护其遗传多样性不受野外灭绝的影响具有至关重要的作用。本项目采集的所有农作物野生亲缘植物都将在其来源国国家收藏库、千年种子库、相应的国际农业研究磋商组织国际收藏库以及斯瓦尔巴全球种子库中进行保存。
采集完成后，种子样本被清洁、干燥并储存在其来源国的国家种子库中，每个样本的一部分将被送往千年种子库进行安全复制储存和分送给前育种项目以及额外种子库，并开放他人使用。passport和可使用性数据被上传至基因资源门户网站Genesys。在此过程中，项目成员制定了萌发方案（若不存在），并通过英国皇家植物园种子信息数据库向公众开放。
一旦被安全地保存在基因库中，农作物野生亲缘植物将被长期储存在-20° C的温度中，在此它们可通过再生或增殖被用于育种或被分享给其他种子库。截至2015年，逾100种新的农作物野生亲缘植物种子被加入国际级基因库，本项目还计划在世界各地的农作物野生亲缘植物收藏库中加入几千种种子。
