Más de una quita parte de las especies vegetales del mundo están en peligro de extinción.[i] El pastoreo excesivo ha reducido considerablemente algunas poblaciones vegetales, mientras que otras están siendo invadidas por malezas extrañas. La urbanización y la intensificación de la agricultura también han destruido poblaciones de muchas especies vegetales, a la vez que han limitado su hábitat. Hoy en día, los PSC se enfrentan a las mismas amenazas que otras plantas.
Algunas especies importantes de parientes silvestres de cultivos han quedado reducidas a zonas extremadamente limitadas. Por ejemplo, el pariente silvestre del maíz, Zea nicaraguensis, está restringido a una sola área protegida en Nicaragua, mientras que la especie de girasol silvestre Helianthus paradoxus se encuentra solo en seis pequeñas poblaciones en Texas, Utah y Nuevo México (EE. UU.).
El cambio climático también supone una amenaza: se estima que entre el 16 y el 22 % de los PSC de cacahuete, patata y caupí se habrán extinguido en el 2055,[ii] y se prevé que las condiciones ambientales, en constante cambio, reduzcan significativamente el posible hábitat de muchos parientes silvestres del maíz.[iii]
