全球逾五分之一的植物物种都有灭绝的危险。[i] 过度放牧使得部分植物居群规模大幅减少，另一些植物则正受到外来野草的驱逐。城市化和农业的推进摧毁了许多植物物种的居群，同时缩减着它们的栖息地。如今，农作物野生亲缘植物所面临的上述威胁并不亚于其他植物。
一些重要的农作物野生亲缘种只存在于面积极小的区域内。例如，玉米的野生亲缘植物Zea nicaraguensis只生长在尼加拉瓜的一个保护区域内，野生向日葵种Helianthus paradoxus只在美国德克萨斯、犹他和新墨西哥州的六个小居群中被发现。
此外，气候变化也对它们构成了威胁：大约16%-22%的花生、马铃薯和豇豆野生亲缘植物预计将于2055年灭绝，[ii]不断变化的环境条件将大幅减少众多玉米野生亲缘植物的潜在栖息地面积。[iii]
